Sie ist die zweitälteste romanische Kirche Erfurts und wurde als Klosterkirche des ehemaligen Schottenklosters St. Jacobus 1130 bis 1170 erbaut. Ca. 1036 gehörte das Gelände des Klosters irischen Mönchen, welche hier bereits mit dem Klosterbau begonnen. 1518 bis 1521 ging das Kloster dann in den Besitz von schottischen Mönchen und wurde erst 1820 aufgehoben und bis 1855 abgebrochen. Die frühere romanische 3-schiffige Basilika mit Choranlage und einer Doppelturmfront wurde nach einem Brand 1472, unter Verwendung des romanischen Mittelschiffes, wieder aufgebaut. Dabei wurden die Seitenschiffe des Chores und die Obergeschosse des Südturmes erneuert. Der Südturm erhielt 1702 eine neue barocke Haube. Seitdem befindet sich darin die Sternwarte der Alten Universität. 1727 wurde die Schottenkirche Pfarrkirche, da die St. Nikolaikirche nicht mehr genutzt werden konnte. In den Jahren 1956 bis 1960 erfolgten mehrere Restaurierungen.Die romanischen Bündelpfeiler, Pieta aus dem 15. Jahrhundert sowie die Madonna aus dem 16. Jahrhundert machen einen Besuch lohnenswert.